Parroquia erigida el 1 de setiembre de 1863 por Monseñor Anselmo Llorente y Lafuente (Fondos Antiguos, Caja 135, folios 12-15v).
El 8 marzo de 1909 Monseñor Juan Gaspar Stork, III Arzobispo de San José, dio el decreto de erección de la Coadjutoria Territorial de San Juan de Tobosi (Libro de Acuerdos número 8, folio 281, asiento 25), elevada al rango de Parroquia con ocasión del Segundo Sínodo Diocesano, celebrado los días 24 a 29 de enero de 1910 y promulgado por Monseñor Stork el 19 de marzo de ese año (capítulo X, canon 55, de los estatutos sinodales).
Desde 1878 existe una ermita en San Ignacio. El 27 marzo 1899 Monseñor Bernardo Augusto Thiel, II Obispo de San José, erigió el distrito de San Ignacio de Candelaria en Coadjutoría Territorial de la Parroquia de Aserrí (Libro de Acuerdos número 7, folio 75, asiento 10). La coadjutoría de San Ignacio fue erigida en Parroquia con ocasión del Segundo Sínodo Diocesano, celebrado los días 24 a 29 de enero de 1910 y promulgado por Monseñor Stork el 19 de marzo de ese año (capítulo X, canon 55, de los estatutos sinodales).
Entre los años 1899-1903 la antigua ermita fue sustituida por un primer templo. En la década de 1930 se construyó un segundo templo, un tercero en los años de 1960 y el actual entre las décadas de 1970 y 1980. El altar mayor, tabernáculo y retablo del templo fue contratado en 1955 con Francisco Hurtado Soto (Valencia, España).
El 27 diciembre de 1956 Monseñor Rubén Odio Herrera dio el decreto de erección de la Parroquia de San Sebastián, segregándola de la Parroquia de La Dolorosa y señalando como fecha de inauguración el 27 de enero de 1957 (libro de Acuerdos número 12, folio 113, asiento 44).
Parroquia erigida el 11 de diciembre de 1880 por Monseñor Bernardo Augusto Thiel, II Obispo de San José, segregándose del territorio de la Parroquia de Escazú (Libro de Acuerdos número 4, folio33, asiento 48, y folio 34, asiento 49; y Fondos Antiguos, caja 206, folios 15-46).
El 7 agosto 1954 Monseñor Rubén Odio Herrera dio el decreto de erección de la Coadjutoria Territorial de Santa Bárbara de Pavas, perteneciente a la Parroquia de Nuestra Señora de la Merced en San José (Libro de Acuerdos número 12, folio 37, asiento 107).
El 4 agosto 1960 Monseñor Carlos Humberto Rodríguez Quirós erigió la Parroquia de Santa Bárbara de Pavas, conjuntamente con la de San Rafael Arcángel en Calle Blancos (Goicoechea), señalando como fecha de inauguración el mismo día del decreto (Libro de Acuerdos número 12, folio 271, asiento 35).
En el barrio de San Pedro del Mojón se creo una filial de la parroquia de San José en octubre de 1863, que pasó a convertirse en parroquia independiente a raíz del Primer Sínodo Diocesano, convocado por Monseñor Bernardo Auguto Thiel, II Obispo de San José, el 3 de julio de 1881, celebrado entre el 24 y el 26 de agosto y promulgado el 25 de noviembre de ese año. Concretamente, en el punto VIII del capítulo IV de sus estatutos sinodales se lee: "Todas las Parroquias filiales se erigen por este decreto en Parroquias independientes...".
El 16 de noviembre de 1976 el arzobispo Mons. Carlos Humberto Rodríguez Quirós dio el decreto de erección de la Rectoría Nuestra Señora del Perpetuo Socorro, Sabana sur (libro de Acuerdos Nº 15, folio 348, asiento 5).
El 8 diciembre de 1978 el administrador apostólico Mons. Enrique Bolaños Quesada, dio el decreto de erección de la parroquia, señalando como fecha de inauguración el 1 enero de 1979 (libro de acuerdos nº 16 folio 56, asiento 61).
La Catedral es la sede del Obispo. El órgano rector de la Catedral es el cabildo, que es un colegio de sacerdotes cuya cabeza es igualmente el Obispo.
La Catedral Metropolitana de San José tiene su origen en la Bula Christianae Religionis Auctor del Papa Pío IX (28 de febrero de 1850), que al erigir la Diócesis de San José, desmembrándola del territorio de la antigua Diócesis de Nicaragua y Costa Rica, convierte a la Iglesia de San José en Catedral, continuando, además, dicho templo sirviendo de Parroquia de la ciudad de San José. La misma bula establece que a la mayor brevedad posible se constituya en la catedral un cabildo, que entre sus miembros conste al menos de una dignidad y tres canónicos.
Posteriormente, el Concordato firmado entre la Santa Sede y el Gobierno de Costa Rica en 1852, y vigente hasta 1888, incluyó algunas regulaciones relacionadas con la Catedral de San José y su cabildo. Concretamente, en dicho Concordato el Gobierno se comprometía a suministrar una dotación económica para sustentamiento del Obispo, del Cabildo, del Seminario y de los gastos del culto y de la fábrica de la Catedral (artículo 5). En contrapartida, la Santa Sede concedía al Presidente de la República el derecho de Patronato, es decir, el derecho de presentar a eclesiásticos considerados idóneos para cubrir vacantes de la diócesis, correspondiendo al Papa la institución canónica de dichos eclesiásticos (art. 7). En virtud de este derecho de Patronato, el Presidente adquiría la facultad de nombrar hasta 6 miembros del cabildo de la Catedral, con excepción del Deán, nombramiento reservado a la Santa Sede, y los canónigos Teologal y Penitenciario, nombrados por el Obispo después de un concurso oposición (art. 8). Finalmente, el Concordato establecía que en sede vacante correspondía al cabildo de la Catedral nombrar al Vicario Capitular para el gobierno de la Diócesis hasta el nombramiento del nuevo obispo (art. 12).
El cabildo de San José se instaló solemnemente el 8 de diciembre de 1853. El 9 de septiembre de 1856 se proclamó a la Inmaculada Concepción como su Patrona. En 1859 Llorente declaró que el cabildo quedaba suspendido por no pagar el gobierno desde 1856 la subvención contemplada en el concordato. La reinstalación del cabildo se llevó a cabo el 31 de diciembre de 1862.
A partir de febrero de 1850 el antiguo templo de la Parroquia de San José albergó al mismo tiempo a la Parroquia y a la Catedral, pero de forma independiente. La catedral estaba bajo la supervisión del cabildo y la parroquia, del párroco, situación que provocó numerosos problemas entre las dos autoridades. Debido a eso, en 1863, el primer Obispo de San José, Anselmo Llorente y Lafuente, decidió unir la Catedral y la Parroquia. Esta unión se mantuvo hasta el 26 de diciembre de 1881, fecha en la que el segundo Obispo de San José, Bernardo Augusto Thiel, dividió el antiguo curato de San José en dos nuevas parroquias, El Carmen y La Merced. Desde entonces, el templo de la Catedral dejó de ejercer funciones parroquiales.
En 1921, a raíz de la creación de la Provincia Eclesiástica de Costa Rica y dentro de ella de la Arquidiócesis de San José, el cabildo de la Catedral Josefina fue elevado al rango de metropolitano (Constitución Apostólica Praedecessorum de 16 de febrero de 1921).
La Catedral Metropolitana fue consagrada por Mons. Sanabria el 1 de noviembre de 1940.
Desde 1854 el templo de la Catedral fue objeto de distintos intentos de reconstrucción. Finalmente, los trabajos de reedificación se iniciaron en agosto de 1871 bajo el impulso de una junta edificadora presidida inicialmente por el propio Obispo, Mons. Llorente, y, a raíz del fallecimiento del Prelado en septiembre de ese año, por el sacerdote Domingo Rivas Salvatierra, quien entonces además de Deán del cabildo era Vicario Capitular de la Diócesis. Las obras de esta primera etapa de remodelación terminaron en 1877. Con posterioridad se hicieron distintos trabajos de importancia en el edificio, especialmente a partir de 1927 bajo la dirección del sacerdote Enrique Kern, Tesorero del Cabildo. Durante la década de 1990 se realizó una amplia remodelación de la Catedral.
En 1818 se construyó en San José un oratorio dedicado a Nuestra Señora de El Carmen. Posteriormente, en 1830, se trasladó a su ubicación actual. Esta edificación fue ampliada y reconstruida en las décadas de 1860 y 1870 y fue bendecida el 15 de julio de 1874. Su largo proceso de construcción estuvo a cargo del ingeniero Lesmes Jiménez.
El 26 de diciembre de 1881, el Obispo Mons. Bernardo Augusto Thiel, dio el decreto de erección de las parroquias de Nuestra Señora del Carmen y Nuestra Señora de la Merced, dejando sin efecto la función de parroquia que hasta el momento había asumido el Sagrario (en la Catedral) como Curato de San José. Se nombró como Cura Interino del Carmen, en esa misma fecha, al sacerdote José Cipriano Fuentes.
El 24 de agosto de 1994 fue declarada de interés histórico-arquitectónico.