Los fondos parroquiales del Archivo Histórico Arquidiocesano están compuestos por un amplio, aunque desigual, conjunto de fondos de parroquias de la Arquidiócesis de San José y de otras diócesis del país.
Concretamente, en la actualidad el Archivo Histórico Arquidiocesano conserva:
- 74 fondos de parroquias pertenecientes a la Arquidiócesis de San José. Destacan por su antigüedad los fondos de la antigua parroquia de San José y de las actuales parroquias de Nuestra Señora de la Inmaculada Concepción de Heredía, de San Bartolomé de Barba y de Nuestra Señora de la Asunción de Ciudad Colón, con series documentales que comienzan en el siglo XVIII.
- 30 fondos parroquiales procedentes de parroquias que en la actualidad forman parte de la Diócesis de Cartago, encabezados por Nuestra Señora del Carmen de Cartago, cuyos documentos conservados en nuestro archivo van desde finales del siglo XVI en adelante.
- 22 fondos parroquiales de otras diócesis del país (en general muy incompletos), principalmente de las Diócesis de Alajuela (especialmente libros de cuentas y de cofradías de Alajuela, San Ramón, Santa Bárbara, San Antonio de Belén, Atenas, Grecia, Naranjo…), Tilarán-Liberia (libros sacramentales, de cuentas y de cofradías de las parroquias de Liberia, Cañas, Bagaces, Nicoya y Santa Cruz desde finales del siglo XVIII) y de la diócesis de Puntarenas (3 libros de cuentas de la parroquia de Puntarenas del siglo XIX y libros sacramentales, de cuentas y de cofradías de la parroquia de Esparza desde principios del siglo XVIII).
