Padre de Bernardo Soto Alfaro, quien fuera presidente de la República de Costa Rica en el periodo 1886-1890.
Vicario capitular de la Arquidiócesis de Quito a la muerte del arzobispo José Ignacio Checa y Barba, acaecida el 30 de marzo de 1877.
Nacido en Quito el 4 de agosto de 1829, fue ordenado sacerdote en 1855. Completó su formación en el Colegio Pío Latino Americano a partir de 1859.
Posteriormente fue nombrado obispo coadjutor de Cuenca (1861), obispo de Ibarra (1867) y finalmente arzobispo de Quito (1868).
Como arzobispo de Quito participó en el Concilio Vaticano I (1869), gestionó la instalación en Quito de la Congregación de la Misión (lazaristas) para encargase del seminario de Quito y promovió la consagración del Ecuador al Sagrado Corazón de Jesús (1873).
Falleció el 30 de marzo de 1877 a causa de envenenamiento durante la ceremonia del Viernes Santo.