Por orden del Cabildo de León (Nicaragua) entre los años 1736 y 1738 se construyó una iglesia en honor a San José en el entonces llamado Valle de Aserrí, más concretamente en el lugar denominado la Boca del Monte, templo que en 1737 adquirió la categoría de Ayuda de Parroquia, como filial de la Parroquia de Cartago. Su jurisdicción se extendía en ese momento por todo el Valle de Aserrí, con excepción de las doctrinas de Aserrí, Curridabat y Pacaca (actual Ciudad Colón) asentadas en dicho valle. En el año 1767 San José fue elevada al rango de parroquia.
Al erigirse la Diócesis de San José en el año 1850, el templo parroquial de San José adquirió al mismo tiempo la categoría de Catedral de la nueva diócesis. Posteriormente, el 9 de enero de 1862 Mons. Llorente, I Obispo de San José, decretó la unión de la Parroquia del Sagrario al Cabildo Catedral. Incluso el 20 de diciembre de 1864 se acordó que el vicario que debía administrar la Parroquia del Sagrario fuese elegido de entre los miembros del Cabildo. En 1881 el territorio de la hasta entonces Parroquia del Sagrario fue repartido entre las dos nuevas parroquias creadas en ese momento: Nuestra Señora del Carmen y Nuestra Señora de la Merced.
