Por la Bula Cristianae Religionis Autor, otorgada por el Papa Pío IX el 28 de febrero de 1850, se erige la Diócesis de San José de Costa Rica, sufragánea de la Arquidiócesis Metropolitana de Guatemala, abarcando todo el territorio del Estado de Costa Rica. Esta nueva diócesis heredó los fondos documentales de la Vicaría Foránea de Cartago, institución que bajo la dependencia del Obispo de León (Nicaragua) fue la cabeza de la iglesia en Costa Rica hasta 1850. La Diócesis de San José tuvo tres obispos: Anselmo Llorente y Lafuente (1851-1871), Bernardo Augusto Thiel (1880-1901) y Juan Gaspar Stork (1904-1920).
El 16 de febrero 1921 se erige la Provincia Eclesiástica de Costa Rica por la Bula Praedecesorum, del Papa Benedicto XV, que dividió el territorio de la antigua diócesis de San José en 3 partes: San José, ahora elevada al rango de Arquidiócesis, abarcando las provincias civiles de San José, Heredia y Cartago; la Diócesis de Alajuela y el Vicariato Apostólico de Limón. Paulatinamente fueron apareciendo nuevas Diócesis, con las consiguientes modificaciones de límites en las mismas, hasta la creación de la Diócesis de Cartago en el año 2005. Hasta el momento han sido arzobispos de San José: Rafael Otón Castro Jiménez (1921-1939), Víctor Manuel Sanabria Martínez (1940-1952), Rubén Odio Herrera (1952-1959), Carlos Humberto Rodríguez Quirós (1960-1978), Román Arrieta Villalobos (1979-2002), Hugo Barrantes Ureña (2002-2013) y el actual arzobispo de San José, José Rafael Quirós Quirós (2013-).
